В "Бухгалтерии" 1С 7.7 при формировании счёта бухгалтер видела в налогах только "Без налога НДС" и "НДС сверху", а ей хотелось "НДС в сумме". При этом в справочнике "Варианты расчёта налогов" все записи присутствовали.

Копание в конфигураторе выявило интереный код:

СпрВариант = СоздатьОбъект("Справочник.ВариантыРасчетаНалогов");
СпрВариант.ВыбратьЭлементы();
Пока СпрВариант.ПолучитьЭлемент() = 1 Цикл
    Если (Спр.Вариант.СтавкаНП.Ставка = 0) и
         (Спр.Вариант.СтавкаНДС.Ставка = 0) Тогда
        СписокВариантов.ДобавитьЗначение(СпрВариант.ТекущийЭлемент());
    КонецЕсли;
КонецЦикла;

который и отсеивал "нужные" варианты.

Оказалось, что если у варианта начисления стоит ставка НДС вручную, то такой элемент справочника не берётся в список "Налоги" в счёте. Установка "Из справочника" решала проблему.